As trufas son cogomelos do xénero Tuber, que pertence á familia Tuberaceae, dentro do filo dos ascomicetos. Producen, en ascos esféricos, entre 2 e 4 esporas redondas e recubertas por un retículo externo. Son frutificacións case esféricas, en xeral, cubertas externamente por numerosas verrugas piramidais e co interior marmóreo, con vetas de cores algo diferentes ao resto de trama, por exemplo na trufa negra as vetas son de cor branca sobre fondo negro, hipoxeas, é dicir, desenvólvense totalmente no interior da terra, polo que como estratexia evolutiva para a difusión das esporas teñen sempre un cheiro moi forte, máis ou menos agradable segundo de que especie se trate, co fin de que algún animal (cervos, corzos, xavaríns, porcos, cans…) as detecten, escarben, as arrinquen e así, coméndoas ou non, consiga dispersar as súas esporas. Esta é a razón pola que para localizalas se usan porcos ou cans amaestrados.
As trufas comestibles, as que teñen aroma forte e agradable, e as máis cotizadas (de máis a menos) con fins gastronómicos son a trufa branca italiana (Tuber magnatum), a negra (Tuber melanosporum), a de outono (Tuber aestivum subsp. uncinatum) e a de verán (Tuber aestivum subsp. aestivumv), aínda que están introducidas no mercado outras como a trufa lisa (Tuber borchii), a cerebroide (Tuber mesentericum), a de invierno (Tuber brumale) e a asiática (Tuber indicum), moito menos aromáticas. En España coñécense polo menos outras 14 especies de Tuber, que non son consideradas comercializables, debido a que son case inodoras para o olfato humano.
A trufa que alcanza valores máis altos (ata 10000 €/kg ou máis) é a trufa branca italiana, que só se coñece da rexión de Umbria (N. de Italia) e nunca se conseguiu cultivar. Ten un fortísimo aroma e úsase sobre todo coma especia, tanto polo forte cheiro coma polo prezo.
A segunda en calidade, é a trufa negra ou de Périgord, que alcanza valores próximos aos 1000 €/kg, aparece no inverno e vive, de forma natural, en solos pobres e pedregosos, micorrizando aciñeiras (Quercus ilex subsp. ilex, Q. ilex subsp. ballota), mas, na actualidade xa se conseguiu «domesticar» noutras árbores como o castiñeiro e a abelaira. O factor máis limitante, que se coñece ata o momento, é a basicidade do solo (pH > 6-7), por iso en territorios como o noroeste peninsular, con abundancia de solos ácidos, resulta difícil o seu cultivo. Non obstante, en territorios ricos como Australia e Nova Zelanda foron quen de modificar o pH do solo de forma artificial e así conseguiron producila. Confúndese, polo hábitat, o período do ano no que aparece e os caracteres macro e microscópicos, con Tuber brumale, aínda que ésta carece case de aroma e sabor.
Outras especies hipoxeas, tamén comercializables, pero de menor calidade que as trufas, son as «TÚBERAS» ou «CRIADILLAS DE TERRA» que pertenzen ao xénero Terfezia, tamén un ascomiceto, mas da familia Pezizaceae. Ten ascos esféricos ou alongados e con 6-8 esporas esféricas, recubertas de grosas verrugas ou espiñas. Son de cor branco crema por fora, semellantes a patacas irregulares con grosos abultamentos, o interior é liso ou escasamente marmóreo e o aroma é agradable, pero suave, moito menos marcado que o das trufas.
Aparecen só na primavera baixo herbas ou arbustos da familia Cistaceae e dos xéneros Cistus, Halymium ou Helianthemum (carpazas e estevas). As máis comúns no noroeste ibérico son Terfezia arenaria e Terfezia magnusii, que poden vivir en solos ácidos e areosos, mas ambas son moi raras.
E, en ningún caso, trufas e túberas, deben ser confundidas con fungos hipoxeos ou semihipoxeos do filo basidiomicetos, incluidos no antigo grupo dos GASTEROMICETOS, como Scleroderma polyrhizum e Rhizopogon vulgare. Aínda que non son tóxicos, os seus caracteres organolépticos son pouco agradables e o seu valor gastronómico, cero. Nalgunha zona foron usados para falsificar as trufas.